«Λοξές ματιές» στο υπουργικό συμβούλιο, και την ενόχληση Καμμένου, φαίνεται να προκάλεσε η επιμονή του Νίκου Κοτζιά για την ψήφιση νόμου με τον οποίο η Βουλή θα αναλάμβανε την αρμοδιότητα να ελέγχει τα λεγόμενα «μυστικά κονδύλια» όλων των υπουργείων, επιτείνοντας έτσι το βαρύ κλίμα που επικρατούσε εναντίον του από ορισμένους συναδέλφους του.
Η επίσκεψη του υπουργού Άμυνας στις ΗΠΑ, και η εναλλακτική πρόταση που κατέθεσε ερήμην της κυβέρνησης και του κ. Κοτζιά, αναζωπύρωσε την κόντρα μεταξύ των δύο ανδρών. 
Το κλίμα έγινε ακόμα πιο βαρύ, μετά την πρωτοβουλία του απερχόμενου υπουργού για τα μυστικά κονδύλια, που ήρθε μετά το θόρυβο που προκάλεσε δημοσίευμα εφημερίδας για κακοδιαχείριση κοινοτικών κονδυλίων στη Μόρια, που αποτελεί αρμοδιότητα του ΥΠΕΘΑ. To δημοσίευμα είχε προκαλέσει την έντονη αντίδραση του Πάνου Καμμένου.«Να σημειωθεί πως μέχρι σήμερα, από τον δημοκρατικό έλεγχο του Κοινοβουλίου περνάνε τα ‘’απόρρητα κονδύλια’’ μόνον του υπουργείου Εξωτερικών, βάσει νόμου που αυτοβούλως προώθησε ο κ. Κοτζιάς και ψηφίστηκε από τη Βουλή στην αρχή του 2017» ανέφεραν χαρακτηριστικά συνεργάτες του.

Σύμφωνα με ασφαλείς πληροφορίες, ο κ. Κοτζιάς είχε ζητήσει επανειλημμένα από τον πρωθυπουργό, Αλέξη Τσίπρα, να ισχύσει ο ίδιος νόμος που εφαρμόζεται για το υπουργείο Εξωτερικών, και για όλα τα υπόλοιπα υπουργεία που στον προϋπολογισμό τους έχουν «απόρρητα κονδύλια».

Σημειωτέον ότι ένα από τα υπουργεία που επίσης έχουν «μυστικά κονδύλια», είναι το υπουργείο Άμυνας του Πάνου Καμμένου.  

Ο Νίκος Κοτζιάς επανέφερε αυτή την πρότασή του και την Τρίτη κατά τη συνεδρίαση του υπουργικού συμβουλίου. Κάτι που προκάλεσε, όπως αναφέρεται εκτενώς στον Τύπο, την επίθεση και τις ύβρεις του κ. Καμμένου στο πρόσωπο του κ. Κοτζιά. O υπουργός  Άμυνας άφησε στο υπουργικό υπαινιγμούς για τη διαχείριση των κονδυλίων του ΥΠΕΞ στο προσφυγικό, λέγοντας ότι λειτουργεί «σαν το Σόρος», αναφορά που εξόργισε τον κ. Κοτζιά.

Η δήλωση του κυβερνητικού εκπροσώπου Δημήτρη Τζανακόπουλου περί «τρένου από το οποίο μπορεί να κατέβει όποιος είναι δυσαρεστημένος» φαίνεται πως ξεχείλισε το ποτήρι για τον Νίκο Κοτζιά.

Μάλιστα, ο κ. Κοτζιάς φέρεται ειπών στους συνεργάτες του ότι «ο Τσίπρας επέλεξε τον υβριστή, και όχι εμένα». 
Ο υπουργός Ψηφιακής Πολιτικής αντέδρασε στην παραίτηση Κοτζιά, τονίζοντας μέσω Twitter ότι η κυβέρνηση στήριζε τη συμφωνία των Πρεσπών.