Επιπλέον, το υπουργείο Εθν. Αμυνας με βασικό τεχνικό βραχίονα το ΓΕΕΘΑ θα αναλάβει και τον μετασχηματισμό των Ενόπλων Δυνάμεων της Β. Μακεδονίας, ώστε αυτές να εναρμονιστούν με τα κριτήρια που θέτει το Βορειοατλαντικό Σύμφωνο. Πρόκειται για μια μακρόχρονη διαδικασία, η οποία δεν περιορίζεται μόνο στην εκπαίδευση και τη συνεργασία, αλλά εκτείνεται και σε λιγότερο εμφανείς τομείς όπως η πιστοποίηση των Ε.Δ. της Β. Μακεδονίας στα πρότυπα που τίθενται από το ΝΑΤΟ. Η μετάβαση του κ. Χριστοδούλου στα Σκόπια, αμέσως μετά την επίσκεψη του υπουργού Εθν. Αμυνας Χ. Ακάρ, δείχνει και την πρόθεση της Αθήνας η οποία δεν επιθυμεί να χάσει περισσότερο χρόνο έναντι της Τουρκίας που ήδη έχει εκτεταμένη στρατιωτική συνεργασία με τη Β. Μακεδονία.