Η παρακαταθήκη του Νίκου Κοτζιά στο ΥΠΕΞ, είναι σίγουρα οι επιτυχείς του χειρισμοί στο Κυπριακό, που γλύτωσαν τρείς φορές το θέμα και τον Ελληνισμό, από «ξαφνικό θάνατο» σε αυτό. 
Στα αρνητικά του η διφορούμενη Συμφωνία των Πρεσπών, λέει ο καθηγητής στο Πάντειο Άγγελος Συρίγος, σημειώνοντας ότι σε αυτή την κυβέρνηση, ήταν το απόλυτο πρόσωπο γνώσης βαθιάς των θεμάτων της εξωτερικής πολιτικής, που είναι αμφίβολο αν υπάρχει άμεσος αντικαταστάτης του, σε αυτό γνωστικά.

Ο κ. Συρίγος σημείωσε ότι σε κρίσιμες γεωπολιτικά εξελίξεις των επόμενων βδομάδων, με το Κυπριακό στη πρώτη γραμμή, είναι ερωτηματικό αν στο ΥΠΕΞ, υπάρχει πρόσωπο με βαθιά γνώση των λεπτών εθνικών θεμάτων , όσο ο Νίκος Κοτζιάς.