Ο Εκπρόσωπος του Υπουργείου Εξωτερικών, Κωνσταντίνος Κούτρας, απαντώντας σε ερωτήσεις δημοσιογράφων σχετικά με τις πρόσφατες δηλώσεις Τούρκων αξιωματούχων για τη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, ανέφερε τα εξής:
«Τη στιγμή κατά την οποία το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων καταδικάζει την Τουρκία για παραβίαση περιουσιακών και κληρονομικών δικαιωμάτων, Τούρκοι αξιωματούχοι, σε μία προσπάθεια αντιπερισπασμού της προσοχής της διεθνούς και της τουρκικής κοινής γνώμης, επιχειρούν να παρουσιάσουν τη συμμόρφωση της Τουρκίας με τα διεθνή πρότυπα ανθρωπίνων δικαιωμάτων και θρησκευτικής ελευθερίας ως αντικείμενο διακρατικής διαπραγμάτευσης.

Η προστασία όμως του Οικουμενικού Πατριαρχείου, όπως και η επαναλειτουργία της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης, δεν αποτελούν θέματα διμερούς ελληνοτουρκικής διαπραγμάτευσης, αλλά ζητήματα σεβασμού των δικαιωμάτων και των θρησκευτικών ελευθεριών των ίδιων των πολιτών της Τουρκίας, όπως απαιτείται από ένα σύγχρονο και ευνομούμενο κράτος, το οποίο, μάλιστα, φιλοδοξεί να ενταχθεί στην ΕΕ.»